Škola JINOTAJ vznikla na základě potřeby zakladatelky Hany Lavičkové smysluplně propojit akademickou a praktickou rovinu výchovy a vzdělávání dětí v celostním a respektujícím přístupu. Vznik školy a její personální obsazení je podmíněno vysokou úrovní profesních a lidských kvalit a staví na zjištění, že jen to, co sám miluješ, jsi schopen předávat ostatním v aktivitě, radosti a s přesahy, které společně protínají minulý i současný svět a jeho proměny.
Škola JINOTAJ je v první řadě místem každodenní sociální interakce, bezpečným prostředím holistického rozvoje dětí s podporou jejich přirozeně silných stránek. Koncepce celostního pojetí výuky školy JINOTAJ byla ve školní i akademické praxi byla rozvíjena a ověřována od roku 2010. Dnešní vzdělávací nabídka školy JINOTAJ vychází z 14 let přímé pedagogické a výzkumné zkušenosti a staví na kvalitě, kreativitě a otevřeném přístupu. Škola JINOTAJ byla založena ve školním roce 2019/2020, kdy přijala 7 prvňáčků. Ve stejném roce získala akreditaci MŠMT. Od roku 2020/2021 se rozrostla o Jinotajnou předškolu a další první třídu. V každém následujícím školním roce roste vždy o jeden první ročník o maximální kapacitě 12 dětí v ročníku, aby mohla rozvíjet rodinný a individualizovaný charakter vzdělávání.
Základní škola JINOTAJ Zlín realizuje Projekt JINOTAJ CZ.02.02.XX/00/22_002/0003845 Zvyšování kvality, inkluzivity a účinnosti systémů vzdělávání. Zajišťování rovného přístupu ke kvalitnímu a inkluzivnímu vzdělávání, včetně usnadňování vzdělávací mobility znevýhodněných skupin.
Základní škola JINOTAJ Zlín realizovala „Strategický projekt Integrované tematické výuky transformující paradigma základního vzdělávání“, jehož příprava je podpořena prostřednictvím voucheru asistence v rámci projektu Smart akcelerátor Zlínského kraje II, reg. č. CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_055/0016072, financovaného z prostředků Evropských strukturálních a investičních fondů a Zlínského kraje.