Základní škola JINOTAJ Zlín realizuje Projekt JINOTAJ CZ.02.02.XX/00/22_002/0003845 Zvyšování kvality, inkluzivity a účinnosti systémů vzdělávání. Zajišťování rovného přístupu ke kvalitnímu a inkluzivnímu vzdělávání, včetně usnadňování vzdělávací mobility znevýhodněných skupin.
Základní škola JINOTAJ Zlín realizovala „Strategický projekt Integrované tematické výuky transformující paradigma základního vzdělávání“, jehož příprava je podpořena prostřednictvím voucheru asistence v rámci projektu Smart akcelerátor Zlínského kraje II, reg. č. CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_055/0016072, financovaného z prostředků Evropských strukturálních a investičních fondů a Zlínského kraje.